Фамилия Кудинов почти наверняка имеет тюркские корни, и её история уходит в XVI век. В основе лежит искажённое казанско-татарское слово «кудай» — «бог, аллах». Имя Кудай (Кудайберде — «богом данный») было распространено у татар и башкир, а на русской почве превратилось в Кудин. От этого имени и образовали фамилию по стандартной модели с суффиксом -ов, то есть «сын Кудина».

Конкретный исторический след ведёт к родоначальнику рода — Кудинову Кадышу (Кадыру). Он перешёл на русскую службу, вероятно, из Казани, и был служилым татарином. В 1554–1556 годах Кадыш выполнял дипломатические поручения как посол — это задокументированный факт, который делает фамилию одной из немногих с точно известным родоначальником-современником.

Словообразовательная модель здесь простая: от имени Кудин (разговорная форма от Кудай) плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде служилых людей, в том числе выходцев из Орды и татарских княжеств, которые получали поместья и записывались в дворянские списки.

Есть и менее вероятная версия, что Кудин могло быть прозвищем от слова «куда» (в значении «куда, в какую сторону») — так могли назвать непоседливого человека или того, кто часто менял место жительства. Но она уступает тюркской гипотезе, так как в документах XVI–XVII веков Кудины стабильно фиксируются как служилые люди «по отечеству», а не как крестьяне или посадские, где прозвища были бы уместнее.

Географически фамилия распространена по всей России, но заметна концентрация в бывших землях Казанского ханства и на юге — в Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниях, где селились служилые татары после присоединения Поволжья. В этих регионах Кудиновы часто записаны в однодворцы — потомки мелких служилых людей, которые несли сторожевую службу на границе.