Фамилия Жидиханов — одна из тех, что заставляет задуматься о происхождении сразу в нескольких направлениях. Самая вероятная версия связывает её с монгольскими языками, а именно с калмыцким. В калмыцком языке известны имена Джиджик и Джиджуш. Калмыки, пришедшие в начале XVII века на Волгу из глубин Центральной Азии, называли свою прежнюю родину Джунгарией, а их героический эпос носит название «Джангар». Скорее всего, имена Джиджик и Джиджуш восходят к древним самоназваниям калмыков. К этим именам добавили элемент «хан» — тюркский титул, означающий «властитель», «правитель». В монгольской империи, начиная с Чингизхана, титул хана носил глава государства, а позже его мог получить только прямой потомок Чингизхана по мужской линии. Прибавление «хан» к личному имени в фамилии подчёркивало высокий статус её обладателя или его предка.

Однако есть и другой пласт значений. В калмыцком языке существует слово «жиди» — «лесные черти». Если принять эту версию, то фамилию Жидиханов можно буквально перевести как «лесной владыка» или «повелитель лесной нечисти». Такое прозвище могли дать человеку, связанному с лесом, либо тому, кого считали колдуном или знахарем.

Менее вероятной выглядит попытка вывести фамилию от прозвища Жидиха, которым могли называть скупого или корыстного человека, или от нарицательного «жид» в значении «еврей». Эта версия не выдерживает критики, поскольку в основе лежит явно иная, восточная корневая система, а русская огласовка фамилии сложилась под влиянием калмыцкого произношения. Таким образом, Жидиханов — фамилия, корни которой уходят в кочевую историю калмыков, а её значение колеблется между «ханом из рода Джиджик» и «повелителем лесных духов».