Фамилия Фанда — редкий случай, когда этимология почти полностью упирается в географию. Скорее всего, её основа — не русская, а западноевропейская, а именно немецкая. В немецком языке слово «Fahne» (знамя, флаг) или его диалектные варианты могли превратиться в прозвище «Fahnd» — так могли назвать знаменосца, глашатая или человека, который изготавливал знамёна. Переход «Fahnd» в «Фанда» при записи фамилии в русских документах — дело обычное: немецкие дифтонги и окончания адаптировались под местное произношение. В пользу этой версии говорит и окончание «-а», которое в русском языке часто появляется у фамилий, заимствованных из немецкого (сравните: Шульц — Шульца, Фишер — Фишера).

Есть и другая, менее вероятная гипотеза — связь с финно-угорскими языками. В карельских и вепсских говорах слово «fanda» могло означать «гнилой», «трухлявый» или относиться к болотистой местности. Однако для такой версии нет устойчивой топонимической поддержки: в русском Северо-Западе нет известных селений с названием Фанда, которые могли бы стать источником фамилии.

Словообразовательная модель фамилии нехарактерна для восточнославянских фамилий. В ней нет типичных суффиксов -ов, -ев или -ин. Это значит, что фамилия, скорее всего, не образовывалась от отчества или прозвища по стандартному русскому принципу. Она либо была принесена в Россию переселенцами (например, немецкими колонистами, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Поволжье и Новороссию), либо возникла в среде обрусевших иностранцев. Подтверждением служит и то, что фамилия Фанда почти не встречается в исторических документах допетровской эпохи — её нет в боярских книгах, писцовых книгах или ревизских сказках XVIII века. Основная масса носителей фамилии сегодня сосредоточена в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, куда активно переселялись немецкие колонисты в конце XIX века.

В написании фамилии возможны варианты: Фанда, Фандо, Фанде. Встречается и форма Фанда с двойным ударением — на первый или на последний слог, что тоже указывает на иноязычное происхождение. В русском языке ударение чаще ставят на второй слог (Фанда́), но в среде потомков немецких колонистов иногда сохраняется ударение на первый (Фа́нда).