Фамилия Нагайников — типичный пример того, как прозвище, данное человеку по предмету, превратилось в родовое имя. Её основа — нагайка, короткая казачья плеть с утолщением на конце. Слово это тюркского происхождения (от названия ногайцев — народа, у которого казаки переняли этот вид оружия), а суффикс -ник в прозвище Нагайник указывал на человека, который либо носил нагайку, либо умело ею владел, либо, что вероятнее, сам их изготавливал.

Так что предок современных Нагайниковых был, скорее всего, мастером-шорником, делавшим плети. В казачьей среде, где нагайка была не просто оружием, а знаком достоинства и частью костюма, такой ремесленник был на виду. Фамилия образована по стандартной русской модели: к прозвищу Нагайник добавили патронимический суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть сын Нагайника. Это указывает на то, что фамилия сложилась уже после того, как прозвище закрепилось за главой семьи.

Интересно, что в отличие от фамилий вроде Плетнёв или Кнутов, Нагайников имеет чёткую региональную привязку. Она почти наверняка возникла в областях бывшего расселения донских, кубанских или уральских казаков — там, где нагайка была обиходным предметом. В центральных губерниях России это слово звучало бы чужеродно, поэтому фамилия встречается реже и локализована на юге и юго-востоке.

Встречаются редкие варианты написания — Нагайников и Нагайниковъ (с твёрдым знаком в дореволюционных записях). С точки зрения словообразования, это «чистая» фамилия: без чередований в корне, без редких суффиксов. Её главная ценность для ономастики — прозрачная связь с конкретным ремеслом и бытом казачества, что позволяет с высокой долей уверенности реконструировать занятие предка.