Фамилия Манастырлы — редкий для России случай, когда географическое прозвище сохранило турецко-крымскотатарский суффикс принадлежности -лы (вариант -ли). В русской среде такие окончания почти не встречаются, поэтому носитель фамилии почти наверняка имеет корни в среде крымских татар, турок или народов Северного Кавказа, испытавших османское влияние.

Основа фамилии — «манастыр» (искажённое от греческого «монастырь»). В тюркских языках, особенно в крымскотатарском и турецком, так называли христианские обители, а также сёла, возникавшие вокруг них. Суффикс -лы в этом контексте выполняет ту же роль, что русское «ский» или «ский»: он указывает на происхождение из места. Манастырлы — «тот, кто из Манастыра», то есть выходец из села, носившего название Манастыр (или Манастырь).

На Крымском полуострове известно несколько топонимов с таким корнем. Самое известное — бывшее село Манастыр (ныне часть Бахчисарая, район Успенского монастыря). Также существовали деревни с похожими названиями в горной части Крыма. После депортации крымских татар в 1944 году фамилия могла распространиться по Средней Азии, а затем — с возвращением — вновь появиться в Крыму и материковой Украине.

В написании фамилии встречается вариант «Манастырли» (с «и» на конце) — это просто фонетическое колебание, свойственное тюркским суффиксам. Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Манастырлы́.

Социально фамилия не несёт указания на дворянство или духовенство. Это типичная «географическая» фамилия, закреплённая за крестьянским или ремесленным сословием. Её носители — потомки людей, которых записали по месту рождения, а не по имени отца, что для тюркских ономастических традиций XIX века было обычной практикой при паспортизации.