Фамилия Кочубаров происходит от мирского имени Кочубар. В основе лежит нарицательное «кочубар» — так в русских говорах и на Украине называли хохлатого жаворонка. Это прозвище давали в дохристианскую эпоху: считалось, что имя, взятое от птицы, сделает ребёнка частью природы и передаст ему её качества — в данном случае, возможно, звонкий голос или заметную внешность из-за хохолка.

Слово «кочубар» не слишком распространено, но у него есть родственники в других славянских языках. Например, в польском czub означает «хохол», а в украинском «чуб» — прядь волос или перьев. Это усиливает версию о прозвище, данном человеку с необычной причёской или пышной шевелюрой. Впрочем, связь с жаворонком остаётся основной: она зафиксирована в диалектных словарях.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность потомку человека по имени Кочубар. Среди однокоренных фамилий — Кочубей, но это отдельная линия: Кочубей восходит к тюркскому küçük bey («маленький князь»), а Кочубаров — чисто славянское прозвище от птицы или внешности.

Географически фамилия встречается в южнорусских и украинских областях, что совпадает с ареалом диалектного слова «кочубар». Встречается вариант написания с одной «б» — Кочубаров, но он менее точен этимологически.