Фамилия Войков чаще всего ведет происхождение от имени Воин — одного из неканонических, но вполне реальных личных имен Древней Руси. Дело в том, что некоторые святые, помимо собственного имени, имели прозвище, связанное с родом деятельности или особенностями: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин. В ряде случаев малограмотные священники ошибочно записывали младенца не именем святого, а его прозванием. Так на свет появлялись люди с официальным именем Воин. А фамилия Войков образовалась от его уменьшительной формы — Войко. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Войков, то есть сын Войка.

Родственные фамилии по той же основе: Воейков, Воецкий, Воинов, Войнаровский, Войников, Войнов, Войнович. Менее вероятно, что основатель рода Войковых был просто воином, то есть солдатом или бойцом, — имя Воин как личное имя перевешивает эту версию.

Есть и другая гипотеза, но она спорная. Согласно ей, фамилия восходит к румынскому имени Войку — аналогу имени Иван (древнееврейского происхождения, в переводе «милость божья»). Однако для русской фамильной традиции такое объяснение менее характерно: форма Войко вполне естественно возникла в русском языке как уменьшительная от Воин, без привлечения румынских параллелей. Поэтому основная версия — от славянского имени Воин через форму Войко — выглядит гораздо правдоподобнее.